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La Federación Bioquímica destacó las últimas exposiciones presentadas en los Encuentros de Puertas Abiertas Covid-19

/Difusión Federación Bioquímica de la Provincia de Buenos Aires/


Encuentros Puertas Abiertas en tiempos de COVID -19

El proyecto PAIS, un sistema de Vigilancia epidemiológica federal de SARS-CoV2 que presentó la Dra. Mariana Viegas, Investigadora Adjunta de CONICET, coordinadora del consorcio cuyo nodo central es el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez

Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV2

El pasado 11 de septiembre tuvo lugar este nuevo encuentro de Puertas Abiertas organizado por el PROES de FBA en el que la Dra. Mariana Viegas, bioquímica experta en genómica de virus respiratorios y encargada del diseño experimental y conceptual del proyecto PAIS y de la coordinación del consorcio, explicó el origen y funcionamiento de este proyecto.

Dra. Mariana Viegas
Dra. Nilda Fink
Dra. Mariana Viegas
Dra. Nilda Fink

Al inicio de esta actividad trasmitida por los canales de facebook y youtube de la Fundación Bioquímica Argentina, la Dra. Nilda Fink, directora del PROES, hizo un reconocimiento a los médicos especialistas en terapia intensiva así como a enfermeros y personal que trabajan en las Unidades de Cuidados Intensivos señalando que “están cerca de los pacientes y atravesando una grave situación”.

A continuación presentó a la Dra. Mariana Viegas, investigadora adjunta del Conicet, bioquímica y doctora por la UNLP, especialista en virología y en genómica de virus respiratorios en el Laboratorio del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez de la ciudad de Buenos Aires, que en 2010 fue galardonada con el Premio Bienal FABA/FBA.

Luego, la Dra. Viegas explicó la creación y desarrollo de este proyecto PAIS basado en una vigilancia epidemiológica del virus SARS CoV-2 mediante secuenciación genómica por la metodología Next-Generation Sequencing (NGS) o secuenciación de última generación o secuenciación masiva.

Se trata de un consorcio, creado en marzo de este año con el objeto de secuenciar 1000 genomas, cuyo nodo es el Laboratorio de Virología del Hospital Ricardo Gutiérrez. Según contó Viegas, está integrado por 33 laboratorios del sistema de salud de todo el país, 8 centros con capacidad de manejo de la técnica NGS o nodos de secuenciación, nodos de procesamiento bioinformático de 9 instituciones nacionales especializadas y un grupo de análisis de evolución molecular de 8 instituciones que hacen los estudios filogenéticos de mutaciones e interpretación, además de un grupo de médicos epidemiólogos.

“Es un trabajo multidisciplinario descentralizado que involucra a 58 investigadores de centros en Tierra del Fuego, Neuquén, Córdoba, Santa Fe, Buenos Aires y CABA que secuencian, procesan datos y analizan resultados”, dijo.

En cuanto a la tarea desarrollada Viegas sostuvo que “hemos puesto a punto tres protocolos de amplificación y secuenciación del virus SARS CoV-2 a partir de muestras clínicas de los RNAs remanentes de los laboratorios de diagnóstico por Rt-PCR con Cts menores de 30”. Además–agregó– se diseñaron cuatro script de análisis bioinformático: Covidex que determina linaje, un script que analiza mutaciones syn y nonsyn; un script que genera secuencias consenso y otro que analiza las regiones drop out y probables soluciones de amplificación a través de secuenciación por Sanger.

En la primera etapa del estudio durante el período 1º de marzo al 12 de junio de 2020 los objetivos planteados fueron:

  • Identificar los linajes virales que ingresaron al país de pacientes con antecedentes de viaje a zonas afectas tanto internacionales como nacionales.
  • Identificar el establecimiento de “clusters” de transmisión locales.
  • Analizar la interrelación de cada “cluster” establecido con las distintas regiones del país que se van analizando.
  • Analizar si los métodos diagnósticos de biología molecular disponibles reconocen las secuencias de los virus que circulan en el país.
  • Identificar mutaciones marcadoras de los virus establecidos en el país.

Linajes de SARS CoV-2

En esta primera etapa se analizaron 437 genomas: 26 de CABA (nodo HNRG), 53 de la Patagonia (RN, NQN, TDF) en el nodo de Tierra del Fuego; 122 genomas de la provincia de Buenos Aires (nodo de Castelar y HNRG); 183 secuencias de CABA en los nodos HNRG y UNSAM; 22 secuencias de Córdoba en el nodo INTA-Córdoba y 31 secuencias en Chaco en los nodos INTA Rafaela y Castelar.

De estas 437 secuencias, 43 fueron importadas, 390 de pacientes sin antecedente de viajes sino adquirido en la comunidad y 4 sin información.

Para definir linajes de SARS Cov-2, la especialista explicó que existen ciertas formas de clasificación que utilizan los virólogos para “hablar el mismo idioma”.

“Nosotros elegimos la clasificación de linajes de RAMBAUT para estudiar la distribución en distintas zonas geográficas y cuales ingresaron en cada país”, explicó Viegas.

Así de las 437 secuencias obtenidas– señaló la investigadora– los linajes de SARS Cov-2 en Argentina fueron: una sola secuencia correspondió al linaje A.1, 434 al linaje B.1 o sus linajes derivados, una al linaje B.2 y uno a su derivado B.2.1. Los casos importados de viajes a Brasil, Europa y USA correspondieron a 43 secuencias en marzo y primeros días de abril y los casos de transmisión comunitaria a 390 en abril y mayo en AMBA y Chaco.

Según Viegas, los linajes en cada provincia fueron distintos: en Tierra del Fuego linaje B.1 y sus derivados, Neuquén A.1, B.1 y sus derivados; Córdoba B.1 y derivados; Buenos Aires B.1 y sus derivados siendo el linaje B1.3 el más representado (33%), y en CABA B.1 y B.2 y sus derivados.

Los resultados de esta primera etapa de estudios arriban a las siguientes conclusiones:

Las secuencias presentan un patrón de regionalización. Este proceso reflejó una transmisión viral comunitaria en áreas circunscriptas, compatible con movimiento restringido de personas a sus zonas de pertenencia. “El próximo análisis será distinto debido a un mayor movimiento de personas”, señaló la investigadora.

En cuanto al análisis de las mutaciones del virus SARS CoV-2, Viegas dijo: “del estudio de la evolución del virus a lo largo del tiempo se vio que no presenta cambios drásticos por lo que no existirían problemas con la formulación de las vacunas” Además –agregó– la presencia de mutaciones no implica una disminución en la sensibilidad de los métodos de PCR debido a las sondas o cebadores utilizados para el diagnóstico molecular.

Desarrollo de un kit de diagnóstico nacional para COVID

El pasado 25 de septiembre tuvo lugar esta actividad virtual a través de las redes de FBA en la cual el Dr. Héctor Quiroz, Bioquímico Director técnico y Gerente de Gestión de Calidad de la empresa Biocientífica, explicó el desarrollo nacional ante la emergencia sanitaria de un kit de diagnóstico in vitro llamado Schep SARS CoV-2 RTPCR dúo aprobado por Anmat

En la apertura de la actividad, que como es habitual empieza a las 16 horas, la Dra. Nilda Fink aclaró que “no hay conflicto de intereses con ninguna de las presentaciones que se hacen en estos encuentros sino que tienen el objetivo de mostrar a los profesionales bioquímicos la diversidad de productos disponibles cuyo criterio de inclusión es que estén aprobados por la autoridad regulatoria Anmat”. A continuación presentó al Bioquímico Héctor Quiroz egresado de la Universidad Nacional de San Luis en 1991 y Farmacéutico por la UBA en 1999, actual director técnico de la empresa Biocientífica. Quiroz hizo una breve introducción describiendo las características del virus y la evolución de la infección señalando en las etapas de la enfermedad en que las técnicas de laboratorio pueden detectar el genoma viral y los niveles de anticuerpos.

“La técnica de RT-PCR es la más sensible para detectar genoma viral. A los dos días de la infección se da el pico y después la carga viral disminuye; al 5º o 6º día aparecen los anticuerpos IgM y más tarde los IgG neutralizantes que junto con los linfocitos CD4, CD8 y NK resuelven la infección”.

Luego describió el proceso de RT-PCR en tiempo real en cuatro etapas: Toma de muestra, extracción de ARN, RT-PCR en tiempo real y análisis de datos.


Quiroz contó que cuando se decretó la cuarentena en marzo, a la empresa solo concurrían cuatro personas y en ese momento surgió la idea de desarrollar un kit nacional de un costo accesible, de calidad similar a los importados, con una tecnología sencilla apta para laboratorios de alta y baja complejidad. Comentó que a pesar de que tuvieron problemas a causa de la movilidad del personal y financieros por la disminución de ventas usuales de la empresa, se conformó un grupo propio para este desarrollo.

Diseño y desarrollo

“Biocientífica se pone en marcha, viendo que inicialmente el diagnóstico temprano de la presencia del virus sería la única herramienta que permitiría paliar el flagelo de la pandemia y que el costo de los kits representaba una limitación”, dijo el bioquímico. Se plantearon llegar a un producto robusto, confiable dentro de la normativa del marco legal. “Así surgió la idea y durante tres meses trabajamos 7 días a la semana para lograrlo”, dijo. Evaluaron si la idea era viable e innovadora, la relación inversión/ beneficios, cuál era el marco legal a aplicar y los objetivos de calidad para el diseño.

Biocientífica –dijo Quiroz– es una empresa que trabaja bajo normas ISO 13485 por lo que dispone de los procedimientos para encarar nuevos desarrollos. Entre esos procedimientos enumeró:

  • Verificación de disponibilidad de know how, insumos, personal, lugar físico.
  • Autorización del desarrollo por la Dirección.
  • Designación de líderes del proyecto.
  • Formación de un grupo de trabajo.
  • Propuesta de un plan por el líder en el que se definen los inputs y outputs, estimación de costos y duración.
  • Aprobación del plan, gestión de fondos, asignación de personal.
  • Presentación de planificación detallada con el desglose por etapas, puntos de control, plan de seguimiento y comunicación y gestión de problemas, entre otros.

Los inputs del plan incluyeron el tipo de ensayo como un kit IVD por transcripción inversa y PCR en tiempo real en un solo paso. Requisitos de aprobación Anmat.

El principio del ensayo es la transcripción y amplificación de dos regiones de baja frecuencia de mutación del virus SARS Cov- 2 con detección en tiempo real utilizando sondas de hidrólisis; los reactivos están todos incluidos en el kit y listos para usar. Cuenta con control interno que permite verificar tanto el sistema de extracción como el de amplificación (presencia de inhibidores, poca eficiencia y/o contaminación). Incluye control positivo y negativo para validar el ensayo.

“Es un procedimiento sencillo diseñado para ser utilizado en diferentes instrumentos de PCR en tiempo real que detecta dos regiones diana del virus una de género (Sarbeco) y otra específica, que tiene alta sensibilidad y especificidad tanto analítica como diagnósticas”, sostuvo Quiroz.

En cuanto a los outputs, el bioquímico destacó la gestión de riesgos que “afecten a la continuidad del desarrollo y al logro de los inputs, así como los problemas de producción, comercialización y uso del cliente hasta el fin de la vida útil”.

Explicó cómo había sido el proceso de elección de sondas, cebadores y enzimas para el ensayo teniendo en cuenta la cinética de la infección que va cambiando los genes virales que se detectan.

Evaluación de desempeño

“El kit brinda resultados confiables para un rango de valor detectable de 106 y 102 cp/ml con valores de Ct ≤ 8 con un desvío standard de 0.5”, dijo. Y–añadió– se puede usar en aparatos de 2 a 6 canales.

Con respecto a la performance del kit, Quiroz describió aspectos de la linealidad de la prueba, con muy buena sensibilidad y especificidad analíticas así como la ausencia de reacciones cruzadas con otros virus respiratorios y una sensibilidad y especificidad diagnóstica del 100% evaluada en 200 muestras.

En cuanto a la precisión, el bioquímico destacó la repetitividad en ensayos intra lote y la reproducibilidad intra lote e inter lote.

Luego expuso los gráficos de la interpretación de resultados con muestras clínicas en ensayos válidos positivos, negativos y ensayos inválidos provistos en el inserto del kit.

Además agregó que estos kits han sido evaluados por los laboratorios del Hospital El Cruce de Florencio Varela, el Laboratorio Gamma de la provincia de Santa Fe y el del Hospital de Clínicas en CABA con excelentes reportes.

Al finalizar, Quiroz enfatizó que “los argentinos tenemos potencial y tenemos que animarnos a producir para ayudar a la población y al país a generar divisas”.

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