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Ómicron, la variante que circula con exclusividad en el país

/Difusión Federación Bioquímica de la Provincia de Buenos Aires/


Así lo informa el consorcio científico argentino que se encarga de la vigilancia activa de variantes de Sars CoV-2

Por Ana M. Pertierra

El Proyecto PAIS (Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2) es un consorcio interdisciplinario de científicas y científicos argentinos coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, creado al comienzo de la pandemia desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación para la realización de estudios genómicos completos en muestras del SARS-CoV-2, con el objetivo de conocer las diferentes variantes que circulan en el país. Este grupo presenta informes periódicos de vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA y en distintas provincias donde se identifica la evolución de las distintas variantes y de qué manera podría impactar su distribución en la circulación de la enfermedad.

Como objetivo general se proponen analizar la trayectoria evolutiva de las variantes del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina para estudiar su origen y dispersión en el país, en el contexto mundial, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus.

Para ello realizan un muestreo en todo el país que ha llegado a la cifra de aproximadamente 1000 genomas de SARS-CoV-2. Las muestras obtenidas se secuencian por NGS para obtener sus secuencias genómicas, y así caracterizarlas y analizarlas desde varios enfoques.

El Consorcio está compuesto por un Nodo Central integrado por el grupo de investigación del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (HNRG), dirigido por la Dra. Mariana Viegas, investigadora del Conicet y responsable del proyecto. Y los Nodos de toma y procesamiento de muestras y aporte a los datos clínico-epidemiológicos; Nodos de Secuenciación genómica de muestras por NGS; Nodos de procesamiento bioinformático, Grupo de análisis de evolución molecular y Grupo de médicos epidemiólogos.

Ahora que la circulación viral ha disminuido notablemente, este consorcio ha resultado fortalecido por el intercambio de conocimientos entre nodos y proyectan futuros trabajos para estar disponibles para dar respuesta a futuras necesidades sanitarias regionales.

Dra. Mariana Viegas, bioquímica coordinadora del consorcio en el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez.

FABAinforma entrevistó a la Dra. Mariana Viegas, bioquímica coordinadora del consorcio en el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez.

– El Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV2, cuyo nodo central usted lidera, ha desempeñado un rol fundamental, brindando datos cruciales para el manejo epidemiológico de la pandemia en el país. Ahora que se ha reducido sustancialmente el número de casos y la circulación viral ¿Sigue funcionando del mismo modo? ¿Participa el mismo número de laboratorios como nodos de toma de muestra y procesamiento?

– Sí seguimos funcionando. Al inicio de la pandemia participaron muchos laboratorios en la toma de muestra y se secuenciaron algunas de ellas para que sean representativas. Y después se seleccionaron laboratorios centinelas que sistemáticamente enviaban muestras para secuenciar. Por ejemplo, el nodo de secuenciación de Córdoba estaba asociado al Laboratorio central de la provincia, el nodo de Santa Fe analiza de forma semanal, el de Neuquén en el Laboratorio Central de Neuquén asi que ellos mismos seleccionaban y manejaban sus propias muestras.

En el nodo central CABA a mi cargo en el Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez siempre hicimos secuenciación de forma sistemática y semanalmente con muestras que recibimos de ciertos hospitales como el Argerich, Elizalde, Durán, el Hospital de Niños y lo seguimos haciendo. Del Gran Buenos Aires se mandaban cada 15 días de forma esporádica para evaluar el estado de situación y después estudiar la evolución de las variantes.

Hoy en día que han bajado mucho no se secuencia todas las semanas, a excepción de lugares que lo requieren como Santa Fe. Las corridas de secuenciación requieren un número significativo de muestras para optimizar el uso de los reactivos por lo que se espera a tener un número determinado de muestras para largar la corrida.

No se ha reducido el número de laboratorios que toman las muestras, sino que hay menos muestras. A medida que fue avanzando la pandemia el trabajo se fue sistematizando de distintas manera dependiendo de la pregunta que se presentaba, por ejemplo qué estaba pasando con alguna variante y cómo va cambiando con el tiempo, pero cuando una variante es completamente prevalente como ocurre ahora con ómicron no tiene sentido hacer estudios sistemáticos semanales sino que nos enfocamos más en hacer un estudio evolutivo para entender los clusters dentro de una misma variante, estudios filogenéticos que interpretan qué linajes y sublinajes están circulando en nuestro país. De acuerdo al momento, los objetivos van cambiando. Por ejemplo, en este momento la variante ómicron prevalece y desde el mes de enero de este año es la única variante que circula en el país.

– ¿Cuál es el desempeño actual de los nodos de secuenciación?

Seguimos todos trabajando; a raíz de la pandemia muchos de los nodos tuvimos que dejar nuestros trabajos específicos para dedicarnos plenamente a Sars CoV-2, ahora estamos haciendo los dos trabajos en paralelo, secuenciación de Sars CoV-2 y nuestros temas originales.

Hoy en día estamos pensando en que esta red que se formó a raíz de la necesidad de la pandemia y que está muy consolidada con mucha gente muy entrenada, comprometida y con muchas ganas de trabajar que cuenta con un gran apoyo del Ministerio de Ciencia estamos preparados para hacer frente a cualquier otra emergencia o necesidad regional.

Por ejemplo, nosotres en el nodo central siempre fuimos especialistas en genómica de virus respiratorios en particular y por eso pudimos abordar rápidamente la genómica de Sars CoV-2 y hoy en día estamos diseñando estrategias para secuenciar influenza, o arbovirosis, virus del dengue, virus sincicial respiratorio, virus respiratorios y virus emergentes como el del dengue.

Después hay otros laboratorios como los del norte que están interesados en diseñar estrategias para secuenciar parásitos que tienen impacto a nivel regional y así cada laboratorio de cada nodo de secuenciación en las distintas provincias del país puedan trabajar en genómica de microorganismos de interés regional. Y la idea es intercambiar ese conocimiento entre todos los nodos de modo de potenciar las habilidades para estar siempre listos para responder a las necesidades a nivel local o ante alguna emergencia global que esperemos que no suceda.

– Según los últimos datos ¿Cuál es la variante del SARS CoV-2 más prevalente en el país?

La variante ómicron es la que está circulando mayoritariamente en el país, desplazó rápidamente a la variante delta y es la que está casi exclusivamente en el país. Dentro de la variante ómicron hay distintos linajes: BA.1, BA1.1 BA.2 y ya se están describiendo otros como BA.3, BA. 4, BA.5 y recombinantes entre ellos.

En nuestro país lo que vemos es que el linaje que circula es el BA.1 y BA1.1. Ahora estamos haciendo un estudio para saber si hay una diversificación mayor en nuestro país y también empezamos a ver en algunas regiones como la ciudad de Buenos Aires y Santa Fe está ingresando lentamente el linaje BA.2 y va aumentando pero a una velocidad mucho menor que ómicron BA.1 y delta.

– Según su criterio en qué momento la situación de pandemia por Covid-19 estaría en condiciones de considerarse endemia?

Es difícil predecirlo porque a fines del año pasado parecía que estaba controlada la situación y emergió de golpe la variante ómicron con una ola tremenda. No creo tener los conocimientos para tener una respuesta precisa a esa pregunta. Pero en tanto y en cuanto haya una cobertura de vacunas tan disímil en distintos países pueden aparecer nuevas variantes.

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